A levéltár iratanyaga rendkívül gazdag, sokat kutatott, értékes gyűjtemény. Az országos gyűjtőkör lehetőséget ad a vízügyi ágazat iratanyagának egységes kezelésére és áttekintésére. Jelenleg közel 5000 iratfolyóméter iratanyagot őrzünk, melynek legrégebbi darabja a térképtárból származik, Heppe Szaniszló Ágoston vízügyi mérnök kézzel készített rajzainak gyűjteménye.
A Levéltár őrizetében lévő iratok időbeli besorolásában, illetve csoportosításában az 1948-ban bekövetkezett államosítás a fő választóvíz. Eszerint a fondjegyzék két részre tagolódik: 1948-ig terjedő időszak (II., VI., VIII., IX., X., XIV., XV. fondfőcsoport) és 1948 után keletkezett iratok (XIX., XXIV., XXVI., XXVII., XXIX., XXXI., XXXII. fondfőcsoport).
A vízügyi igazgatás központi szerveit alkotó II. és XIX. fondfőcsoportba az Országos Vízépítési Igazgatóságnak, szakhivataloknak, kormány- illetve miniszteri biztosoknak iratai kerültek, a múlt századfordulót tekintve pedig legfontosabb irategyüttesét az 1953-ban megalakult, több szervezeti változást megélt, és napjainkban is fennálló Országos Vízügyi Főigazgatóság adja. A területi vízügyi igazgatás szervezetének VI. és XXIV. fondfőcsoportjában találhatjuk meg az egykori folyammérnöki és kultúrmérnöki hivatalok iratanyagát – utóbbi egyik legértékesebb dokumentumai a vízikönyvek -, a század második felétől napjainkig ezen területi szervek utódjai a területi illetékességű vízügyi igazgatóságok lettek. A VIII. és XXVI. fondfőcsoport az intézetek fondjait tartalmazza, ezek közül említésre méltó a Vízrajzi Intézet, majd az ennek nyomán felállított VITUKI-nak az iratanyaga. A IX. és XXVII. fondfőcsoportba a testületek fondjai tartoznak, a vízügyi igazgatás szempontjából ez a magyar vízgazdálkodás, árvízvédekezés esetében jelentős szerepet vállaló társulatok iratait jelenti. Az egyesületek, vállalatok elnevezésű X. és XXIX. fondfőcsoport dokumentumai között a 20. század második felének iratképzői említésre méltóak, fondjai között szinte valamennyi vízügyi vállalat iratanyaga képviselve van. A személyek iratait magába foglaló fondok – XIV. és XXXI. fondfőcsoport – a hazai vízügy történetének kiemelkedő jelentőségű egyéniségeinek iratait tartalmazzák (többek között Lampl Hugó, Lászlóffy Woldemár, Dégen Imre személyi hagyatékát). A Levéltár fondjai jellemzően regisztratúra jellegű fondok, de egyes irategyüttesekből gyűjteményes fondok lettek kialakítva. A XV. és XXXII. fondfőcsoportok – Gyűjtemények – legértékesebb és legnagyobb terjedelmű irategyüttesei a tervtári és térképtári anyag, illetve a tanulmánytári gyűjtemények.
